故事开始于吴邪在长沙的古墓中发现了一幅奇怪的地图，这幅地图指向了一个未知的地点。经过一番调查，他们得知这个地点可能就是传说中的“鬼城”。为了揭开真相，三人决定前往巴乃村进行探索。然而，当他们到达目的地时，却发现这里不仅环境恶劣，还充满了各种危险。

在深入沼泽的过程中，他们遇到了许多意想不到的情况。首先是恶劣的自然条件，如泥泞的道路、毒蛇出没以及突如其来的暴雨等。这些都给他们的探险带来了极大的困难。其次是当地村民对于外来者的敌意，他们认为外人会带来厄运，并试图阻止吴邪一行人的行动。

随着剧情的发展，他们逐渐接近了所谓的“鬼城”。在这里，他们发现了一座废弃已久的城市遗迹。这座城市似乎曾经繁荣一时，但如今却荒无人烟，只剩下断壁残垣和诡异的气息。通过对遗迹的研究，他们逐步揭开了这座城市的秘密：原来它曾是一个高度发达文明的中心，但由于某种原因而突然灭亡。

在探索过程中，吴邪等人遭遇了一系列惊险事件。比如，他们被困在一个巨大的地下迷宫里；又或者是在寻找线索时触发了机关，差点丧命。不过，在张起灵冷静分析和勇敢应对下，他们一次次化险为夷。

最终，他们找到了导致这座城市毁灭的关键证据。原来，这座城市因为过度开采自然资源而导致生态失衡，进而引发了灾难性的后果。这一发现让吴邪等人深刻认识到人类活动对自然环境的影响，并引发了对未来发展的思考。

整部作品通过紧张刺激的情节设置和丰富的人物形象塑造，展现了友情、勇气与智慧的重要性。同时，《蛇沼鬼城》也延续了《盗墓笔记》一贯的悬疑风格，给读者留下了许多值得回味的问题和想象空间。